从戈兰高地(高降雨量)开始，一直有很强的南北降雨梯度，穿过犹太，向南进入干旱的西奈沙漠。我们知道这个梯度曾经有很高的降雨量，因为那里有丰富的雨水收集和地下水收集结构，由公元前400年到公元100年的纳巴泰文明建造。由于气候干燥，它们现在已经灭绝很久了，但它们是干旱地区边缘种植的特征。类似的工作结构现在可以在阿曼、伊朗和北非的部分地区找到。因此，可以合理地推断出该地区曾经非常湿润。
除了这种总体气候梯度之外，从西部的以色列高地到东部的死海裂谷，每年大约有1100毫米的降雨量，也有非常强的局部降雨梯度。从谷歌地球上的植被密度可以明显看出，这是由盛行的地中海气流进一步向东进入阿拉伯沙漠造成的雨影效应。马萨达目前每年接收约200毫米，但非常不稳定，有巨大的年际变化。一项对内盖夫和邻近干旱地区的研究得出结论，年降雨量的分布并不均匀——至少在任何对人类有用的时间尺度上都不平均。由于位于强烈的雨阴影中，马萨达将永远是干燥的。
像马萨达这样的地方有两个潜在的水源;春天和短暂的(非常不可靠的)山洪暴发。泉水是地下水，从耶路撒冷周围的以色列高地渗透到石灰岩中。希伯仑等。目前在马萨达附近没有温泉。在地下水位较高的条件下，可能曾经有过一个泉水，但在我们所知的历史上没有。
用于供应马萨达的解决方案是在以色列高地的峡谷中建造两座大坝。短暂的洪水因此被拦截，并通过重力排水的渡槽输送到马萨达城堡深处的水箱中。这些水箱的容量约为30至35立方米，所以即使考虑到蒸发和seepage3渗流如果山洪暴发的频率足够高，可以弥补引水渠的损失。即使在今天，山洪暴发的频率也很可能足够高。在2000年前稍微湿润的环境下，几乎可以肯定每年有足够的水。
不幸的是，至今没有降雨记录，但在Issar A.S.(1990)，“水将从岩石中流出”中可以找到一些有趣的一般气候推论。