什么工具可以快速比较来自海洋模型的NetCDF输出?

Question

我正在编写自己的MATLAB脚本来完成大部分模型结果的可视化和数据分析。我想知道是否有一种更快的方法来对不同海洋建模系统获得的模拟结果进行视觉比较。是否有一个(最好是免费的)软件包可以与CF (气候和预报元数据惯例)兼容的NetCDF模型直接输出还是总是需要一些编码?

Answer 1

为了进行快速的视觉比较，我会使用多维数据集的浏览器或ncview与命令行工具一起使用气候资料营办商。快速生产好看的图形(和动画)华丽服饰真的很好。对于进一步的分析或特殊图形，请遵循您的方法和脚本，例如MATLAB，Python(如与虹膜)，IDL，R，ncl或者你周围的人在用什么。

Answer 2

netCDF的作者，UNIDATA，维持相当多的清单的可视化软件。它甚至提到了一个Excel插件，大概是为受虐狂准备的。

这些年来，我发现雪貂可靠地处理符合CF的文件(以及不符合CF的文件)，并且对于交互式快速查看和简单操作非常有用。例如，它理解cf推荐的UDUNITS时间格式，并将自动应用scale_factor和add_offset属性到变量。它当然比我通常用于演示和发布质量图的Python/R/Matlab路线更快地在屏幕上得到一些东西。

如果您想要一个更像gui的查看器，那么我听说过一些不错的东西华丽服饰虽然我必须承认我自己从来没用过。

Answer 3

我的第二个ncview快速浏览NetCDF文件。

我也推荐大家尝试一下Unidata的集成数据查看器(IDV)。它可以很好地叠加来自不同来源的三维地球物理场。除了NetCDF，它还支持许多其他格式。它还通过THREDDS和OpenDAP预先加载了各种观测和模型数据存储库的列表。IDV还允许您在不同网格或投影上的字段之间定义函数和操作。请注意，在我看来，IDV不适用于严肃的分析，但更适合可视化地探索数据集。

Answer 4

补充一下我的观点;

1. 使用nks，你可以做很多事情，如微分，得到比率，提取一些变量，切片的维度等。
2. 如果您想对netdf文件进行一些二进制操作，请考虑使用ncbo。对于大文件，我更喜欢在一开始就减少我想要的内容，它也可以远程打开。
3. 讨厌matlab，所以我搬到NCL(NCAR)哪个是直接的，并且已经为大多数人准备了许多脚本常见的模型。没有必要说它正在产生出版质量数据;)
4. 有一部分库用于python (pyNGL)，相同的语法，所以一旦熟悉ncl就很容易在python中使用它，支持其他格式，如grib, hdf，…

Answer 5

通常我使用以下软件来快速查看我的NetCDF文件:

1. NASA Panoply (Panoply netCDF, HDF和GRIB数据查看器):基于java，非常擅长打开HDF, NetCDF, grib…
2. CDO的功能为阴影、轮廓等(非常基本，但在命令行中很有用)
3. MATLAB和R及其基本函数

Answer 6

使用Matlab，您可以执行ncgeodataset (http://code.google.com/p/nctoolbox/wiki/ncgeodataset)，无须下载大型数据集，便可对netcdf进行抽样。

例如,

nc = ncgeodataset('http://thredds.jpl.nasa.gov/thredds/dodsC/ncml_aggregation/OceanTemperature/ghrsst/aggregate__ghrsst_JPL_OUROCEAN-L4UHfnd-GLOB-G1SST_OI.ncml');Gvar = nc.geovariable('analysed_sst');s.time ={“20 - 2012年5月——”,“24 - 2012年5月——”};s.lat = 41.5 [40];s.lon = 2.0 [0];Sub = gvar. geo子集(s);%子集方法pcolor(sub.grid.lon,sub.grid.lat,double(squeeze(sub.data(1，:，:)))-273.15);

Answer 7

虽然我不知道海洋建模的具体细节，除非有一个“标准”来组织和编写节点(如X,Y,Z)，否则总是需要编码的。此外，数据文件的写入方式始终取决于模型中的任务如何委托给处理器:模型是设计为在个人PC上运行还是在Beowulf集群上运行?

你也许可以用一些东西，比如OpenDx，以比较海洋建模结果，尽管我仍然认为一个快速的python脚本将是为了正确格式化所有数据类型。