什么工具可以快速比较来自海洋模型的NetCDF输出?

Question

我正在编写自己的MATLAB脚本来做大部分的模型结果的可视化和数据分析。我想知道是否有一种更快的方法来对不同海洋建模系统获得的模拟结果进行可视化比较。是否有一个(最好是免费的)与CF (气候和预报元数据公约)兼容的NetCDF模型输出直接或总是需要一些编码?

Answer 1

为了进行快速的视觉比较，我会使用多维数据集的浏览器或ncview和命令行工具一起使用气候资料营办商．快速制作好看的图形(和动画)华丽服饰做得真不错。为了进一步分析或特殊图形，请继续使用您的方法和脚本MATLAB,Python(如与虹膜)，IDL,R,ncl或者你周围的人用的任何东西。

Answer 2

netCDF的作者，UNIDATA，维持相当广泛的列表的可视化软件。它甚至提到了一个Excel插件，大概是为受虐狂准备的。

这些年来，我发现雪貂与CF兼容的文件(和不兼容的文件，就这一点而言)是可靠的，对于交互式快速查看和简单操作是有用的。例如，它理解cf推荐的UDUNITS时间格式，并将自动应用scale_factor而且add_offset属性到变量。在屏幕上显示某些内容当然比我通常采用的Python/R/Matlab路径更快，后者用于演示和发布质量图。

如果您想要一个更像gui的查看器，那么我已经听说了一些关于华丽服饰虽然我必须承认我自己从来没有用过。

Answer 3

我的第二个ncview用于快速查看NetCDF文件。

我还建议你试试Unidata的综合数据查看器(IDV)．它非常适用于不同来源的三维地球物理场的叠加。除了NetCDF，它还支持许多其他格式。它还附带了一个通过THREDDS和OpenDAP预加载的各种观测和模型数据存储库列表。IDV还允许在不同网格或投影上的字段之间定义函数和操作。请注意，在我看来，IDV并不适合于严肃的分析，但更适合于可视化地探索数据集。

Answer 4

只是补充一下我的观点;

1. 使用nks你可以做很多事情，比如微分，获取比率，提取一些变量，切片等。
2. 如果你想对netcdf文件做一些二进制操作，可以考虑ncbo。对于巨大的文件，我更喜欢削减我想要的在第一个地方，它的opendap远程以及。
3. 讨厌matlab，所以我搬到了NCL(NCAR)哪个是直接的，并且已经为大多数人准备了许多脚本常见的模型．不用说，它正在产生出版质量数据;)
4. python (pyNGL)的库有一部分，语法相同，所以一旦熟悉了ncl，就很容易在python中使用它，支持其他格式，如grib, hdf，…

Answer 5

通常我使用以下软件来快速查看我的NetCDF文件:

1. NASA全套装备(Panoply netCDF, HDF和GRIB数据查看器):基于java，非常好的打开HDF, NetCDF, grib…
2. CDO的功能包括阴影、轮廓等(非常基本，但在命令行中很有用)
3. MATLAB和R的基本函数

Answer 6

使用Matlab，你可以做ncgeodataset (http://code.google.com/p/nctoolbox/wiki/ncgeodataset)对netcdf进行子抽样，而无需下载大型数据集。

例如,

nc = ncgeodataset('http://thredds.jpl.nasa.gov/thredds/dodsC/ncml_aggregation/OceanTemperature/ghrsst/aggregate__ghrsst_JPL_OUROCEAN-L4UHfnd-GLOB-G1SST_OI.ncml');Gvar = nc.geovariable('analysed_sst');s.time ={“20 - 2012年5月——”,“24 - 2012年5月——”};s.lat = 41.5 [40];s.lon = 2.0 [0];Sub = gvar. geo子集(s);%子集方法pcolor(sub.grid.lon,sub.grid.lat,double(squeeze(sub.data(1，:，:)))-273.15);

Answer 7

虽然我不知道海洋建模的具体细节，但除非有一个组织和编写节点的“标准”(即X,Y,Z)，否则总是需要编码。此外，写入数据文件的方式总是取决于模型中的任务如何委托给处理器:模型是设计为在个人PC上运行还是在Beowulf Cluster上运行?

你可能会用到一些东西，比如OpenDx，来比较海洋建模结果，尽管我仍然认为一个快速的python脚本将是为了正确格式化所有数据类型。